接上篇，就在莉可危险之际，吊坠发光了！
在吊坠的光芒和保护罩即将消散之际，莉可隐约看到了一只充满神秘气息的宝可梦，它形如一只小乌龟，眼睛直直地盯着莉可看，但很快消失了。
(资料图片)
目前官方消息称莉可的吊坠里隐藏的就是神秘的朱紫第三神—太乐巴戈斯的幼体形态，当然一切都还存在着诸多谜团。
这时，高大男子骑乘着喷火龙接下了正要掉落的莉可和新叶喵，没有做太多说明，便带着她们往远方飞去。
莉可抱着新叶喵，看着眼前这轮明亮的圆月，又想到了今天突然发生的这一系列奇奇怪怪的事，感慨着的同时第一次认真欣赏了夜空笼罩下的学园，回顾几天下来与新叶喵的相处逐渐融洽。她有了全新的勇气，即使明知道接下来可能会发生了不得的事，但身旁有新叶喵在，她就觉得没什么好怕的。她想着，新叶喵也该是这么想的吧。
还留在屋顶上的三人。女部下第一次喊出中分头男子的名字：艾梅吉欧大人。艾梅吉欧还在惊讶于刚才吊坠发出光芒的魔力，被部下打断了思考。于是想着还是要持续追击上去，收回苍炎刃鬼派出钢铠鸦，两位部下派出盔甲鸟，都跟在了喷火龙的后面。三人使用黑科技从正装一秒切换成了战斗服，战斗服的右上角是一个队伍的标志，或许他们就是一个反派组织的人。
另一边，女主还不知情地被高大男子带着不知要去哪里。等她反应过来之时，男子已将她降落在了一艘飞船上。那天她们在训练场上看到的远方的飞船或许就是这艘。现在莉可至少知道了这艘飞船是男子的基地。
男子介绍说，这是我们的飞船——英勇阿萨琪号。这艘飞船无比巨大，之前在学校里找莉可的相关人员，两位女人和一位强壮的男人都出现在了飞船的甲板上，看来他们都是这里的成员。还有那名钓鱼的老者，或许也是这个队伍的人。
飞船的后翼慢慢展开，居然出现了一个巨大的宝可梦比赛场地。飞船周围有一圈平时看不到的防御罩，只有属于这里的人出入才没有限制，如果有外人靠近，防御罩就会启动，把他们挡在外面。
甲板上的人开始过来跟莉可打招呼。 这时，莉可才知道救他的这个人名叫弗里德，他是一名宝可梦博士，他们的队伍叫做飞升伏特攻击队 。与此同时，船上的宝可梦们也出来欢迎客人，有布拨、呆火鳄、雪童子、猫头夜鹰、壶壶。据强壮男子介绍说，这些精灵是他们游历各地区时跟过来的，就一直住在船上了。强壮男子自我介绍说他叫马多克，他的伙伴宝可梦是一只岩狗狗。同时粉头发女人自我介绍说她叫莫莉，并向莉可说道这么迟才说明身份，表示了抱歉，让她受到了惊吓。莉可看着眼前的这些宝可梦开心地生活着，这些人也相对面善，也就暂时放下了警惕。
莉可还想进一步询问些什么，突然弗里德的手机发出警报，告诉他有三个人正在靠近，于是他立马动身前往了操纵室。弗里德紧锣密鼓地安排了每个人该做什么，看来事态比较紧急，莉可也不再追问，但她想着不能任凭人摆布，需要自己去寻找真相。此时，另一位女人在动力室传来消息，称前方会有风暴。这就是那位棕色头发的女人，名叫奥莉奥。动力室由熔岩虫和大炭车帮忙烧火和运作，奥莉奥正在加大运载功率但人手还是不够，于是弗里德叫喷火龙过去帮忙，只身前往操纵室。
在操纵室里掌舵的是弗里德的另一只宝可梦——船长皮卡丘。弗里德亲切地称呼他为船长。船长皮卡丘用尾巴支撑着自己的身子，使自己固定在船长的座位上，可爱中透露着一股霸气，软萌中显现出一丝强者的气息。
莉可此时和莫莉待在一起，反派组织的三人也在这时追了上来。莫莉一眼认出他们是探索队的人。
弗里德来到操纵室接替了船长皮卡丘的班，在船长的身旁还有一只朝北鼻用来指明航行的方向。随着三人追得愈来愈近，弗里德决定往前方雷云处开辟一条航线，这决定让马多克这个猛男都惊呆了，这时他正和一只阿罗拉臭臭泥在观察室观望后方的敌人。但是弗里德坚定地打出了右满舵，果真一下甩开了艾梅吉欧一伙人。船上的一只润水鸭没有站稳跌倒在地，不知是谁的宝可梦。而镜头一转，之前在公交站台的那位钓鱼老者也出现了飞船上，看来他真是这个队伍的成员。
探索队也展现出了不达目的不罢休的气势，在侧翼甲板后方，正在使用几只鸟类宝可梦的空气斩技能打破防御壁。马多克此时将观察室的任务交给了老者，自己则去操纵室替换弗里德。而弗里德带上了船长皮卡丘准备前去迎战。莫莉正在外面准备手动打开备用电源，奥莉奥那边先暂缓了动力的输出，弗里德也重新叫回了喷火龙一同前去战斗。
莫莉还是慢了一步，探索队三人已经撞碎防御罩闯到了甲板上来。飞船也已经驶入了雷云和风暴的区域，一声雷击，将伏特上升队的队旗都劈落了，情况很紧急，莉可也被这突如其来的动静吓得不轻。围绕这个吊坠，不但使自己陷入了不可预知的事态，也将飞船上的这些宝可梦牵连了进来，有些宝可梦被完全吓到了，莉可十分自责。
艾梅吉欧此刻已经接近了莉可和新叶喵，但是对于艾梅吉欧的质问，莉可都答不上来。她只能判断出，飞升伏特攻击队至少还在保护她，而眼前的探索队是肯定不能相信的。女部下甚至抓住了新叶喵以此威胁莉可交出吊坠，莉可表示吊坠可以给，但请求他们放下新叶喵。
艾梅吉欧表示，刚开始的目标只有吊坠，但刚才发出的光芒预示着莉可和吊坠之间也有紧密的联系，因此希望她也一起来。莉可想着，只要跟他们一起走，就能结束这里的一切了吧。
就在莉可要跟着他们离开时，弗里德又及时现身了。他准备用喷火龙和船长皮卡丘阻拦探索队。大战一触即发。
又是弗里德和艾梅吉欧的一对一对决。而这次，是船长皮卡丘和苍炎刃鬼的对决。艾梅吉欧表示自己被小看了，而弗里德表示船长很能打。
船长率先使出雷电拳，快速弹射向苍炎刃鬼攻去，苍炎刃鬼反应极快，用两只火焰手臂阻挡了下来。船长眼看不奏效，接着使出影子分身，一下出现十几只皮卡丘的残影。苍炎刃鬼一击精神利刃斩断了一排船长的残影，还有一个影子出现在了他的背后。眼看船长从背后使出雷电拳，苍炎刃鬼马上转过身来用一招悔念剑抵御。可这一记下去，艾梅吉欧才发现这也只是个分身，真正的船长皮已经在飞船上方的栏杆处蓄力。伴随轰的一声，船长汲取了雷云的力量，使出了全力的伏特攻击，苍炎刃鬼也不是省油的灯，虽然很吃力，但确实凭一招精神利刃予以了还击。
眼看战斗又要波及到里面的弱小的宝可梦们，莉可终于坐不住了，表示要结束这一切，准备跟探索队走了。而这时，新叶喵不答应了，她勇敢地站了出来！莉可也瞬间明白了新叶喵的心意，准备一同挑战强大的苍炎刃鬼。
随着莉可大声地发出指令——树叶！！此刻的莉可终于和新叶喵建立起了第一次真正意义上的羁绊的力量，新叶喵响应了莉可的心意，不但成功使出了技能，而且范围之广、威力之大，将在场所有人都震惊了。
这只小小的新叶喵体内竟蕴藏着如此巨大的力量，都不止是叶风暴的既视感了，甚至有了草Z的效果。这突如其来强大的一击也让苍炎刃鬼猝不及防，吃到了很大的伤害，艾梅吉欧也表示震惊不已。
受到风暴越来越近的影响，新叶喵使出强大招数后站立不稳，滑落到了甲板的边缘处，艾梅吉欧的钢铠鸦救下了她，并以此作为人质，让莉可带上吊坠来换新叶喵。很快，探索队就带新叶喵逃离了现场，留下飞升伏特攻击队和莉可在甲板上，莉可非常伤心。看来，又要制定下一波作战方案，救援新叶喵了。
前两集的故事到这里暂告一个段落。To Be Continue……
最后放出的主题曲中还有一些细节：
后续莉可开展冒险后将会更换服装，不再是校服； 飞升伏特攻击队飞船的动力室中还有一只电击怪帮忙发电； 飞升伏特攻击队飞船的厨房中还有霜奶仙帮忙制作甜品； 飞升伏特攻击队飞船的医疗室里也有吉利蛋的身影，吉利蛋可能是莫莉的宝可梦； 奥莉奥有一只准神巨金怪； 飞船上的润水鸭可能是钓鱼老者的宝可梦，但也有野生的可能性； 男主罗伊预估在第三集最后登场，而他的宝可梦呆火鳄极有可能就是飞升伏特攻击队飞船上的这只呆火鳄。现阶段，飞升伏特攻击队肯定是正义的一方，探索队肯定是反派的组织，但其中艾梅吉欧有后续洗白的可能性。男主手上的传说精灵球同女主的吊坠一样，都是围绕着重重谜团的物品，后续值得期待！